補助金のつなぎ融資｜入金までの資金の用意と、減額されたときの不足額

最終更新日：2026年9月17日

補助金のつなぎ融資とは、補助金が入金されるまでの立替資金を借り、入金された補助金で返す融資です。
補助金は交付決定のあとに事業者が経費を全額払い、実績報告と確定検査を経てようやく入金されます。その間のお金は別に用意しなければなりません。

中小企業庁のミラサポplusでも、補助金は原則後払いで取引先の金融機関からの「つなぎ融資」が必要な場合もあると説明されています。
後払いの仕組みそのものは補助金と助成金の違いで取り上げました。
ここではその仮設例を引き継いで、いくら・いつ・どうやって用意するかを具体的に計算していきます。

補助金の入金までに、いくら足りなくなるか

まず前回の仮設例のおさらいです。設備1,000万円（税抜）・補助率1/2・申請時の手元現金800万円で、
ほかの入出金はゼロとした単純な例にしています。

仮設例。つなぎ融資は9か月目に500万円を借り、13か月目に補助金の入金で元金と利息を一括返済すると仮定。利息は年2.5%（仮置き）×4か月の単利で、5,000,000円 × 2.5% × 4/12 ＝ 41,667円（円未満四捨五入）。
検算：9か月目 500万円 ＋ 500万円 − 700万円 ＝ 300万円／13か月目 300万円 ＋ 500万円 − 500万円 − 41,667円 ＝ 295万8,333円。

自己資金だけだと9か月目に200万円足りず、残金を払えません。
補助金は実施期間内に支払いを終えていることが条件なので、支払いが遅れれば補助対象から外れるおそれがあります。
そこで補助金と同額の500万円を借り、入金で一括返済する形にすれば、いちばん苦しい時期でも300万円が手元に残ります。

なぜ不足額の200万円ではなく、500万円なのか

200万円だけ借りた場合、9か月目の残高はちょうど0円です。
その間も給与や仕入の支払いは続くので運転資金まで設備の立替に使ってしまうことになります。
補助金500万円を返済財源にするなら、借入額と返済財源の金額がそろっていたほうが金融機関にも説明しやすいはずです。
自社の運転資金にどれだけ余裕が必要かは資金繰り表で月ごとに見ておくと判断しやすくなります。

つなぎ資金の選択肢と注意点

取引金融機関のつなぎ融資と「金融機関による確認書」

つなぎ融資を使うつもりなら申請の前から金融機関に相談しておくのが鉄則です。
新事業進出・ものづくり商業サービス補助金では金融機関から資金提供を受けて補助事業を実施する場合、資金提供元の金融機関による事業計画の確認を受け、「金融機関による確認書」を提出することが要件になっています。
自己資金だけで実施するなら提出はいりません。金融機関は事業所の所在地域になくてもよく、複数から借りる場合は任意の1者の確認書で足ります。

公募要領（第1回）1.2版の内容です。他の補助金では要件が異なります。

信用保証協会の保証を使う場合

保証協会の中には、補助金の交付決定を受けた事業者向けの保証制度を設けているところがあります。
たとえば千葉県信用保証協会の「セットアッパー」は国・地方公共団体・公的機関から補助金・助成金の交付決定を受けた方が対象です。
一般枠の保証期間は24か月以内、原則一括返済、保証料率は0.45%〜1.90%です。
申込みには補助金の申請書類と交付決定書の写しが要ります。

同じ制度がほかの都道府県の協会にあるとは限りません。自社の所在地の協会か取引金融機関に問い合わせるのが確実です。

保証付き融資の仕組みと保証料を含めた実質コストの比べ方は信用保証協会付融資とはにまとめています。

概算払いがある補助金・ない補助金

補助金の支払いは精算払いが原則です。
事業再構築補助金の手引きは、原則は補助金額の確定後の精算払いとしたうえで
必要があると認められる経費については、事前に事務局の承認を得たものに限り概算払いを受けられるとしています。
これに対して中小企業省力化投資補助金の交付規程（第19条・第20条）は、補助金は額を確定した後に支払うという定めです。

概算払いを受けても、あとで確定した額が受け取った額を下回れば差額の返還を命じられます。
省力化投資補助金の交付規程では返還期限は命令の日から20日以内です。
概算払いを前提に資金計画を組む前に、申請する補助金の交付規程で可否を必ず確認しておく必要があります。

リース・分割払いのルール

中小企業新事業進出補助金のFAQによると、リース会社と共同申請し、リース料から補助金相当分が減額されることなどを条件にリース会社を対象に補助金を交付できます。
着手金・中間払いなどの分割払いはすべての支払いを実施期間内に完了している必要があります。一部でも終わっていなければ、その契約の経費はまるごと補助対象外です。

支払方法にも制限があります。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金の公募要領では支払いを銀行振込の実績で確認するので、
現金払い、相殺、代引き、手形、小切手、ファクタリング（債権譲渡）による支払いなどは対象外です。

補助金を受け取る権利を譲渡して資金化できるか

補助金を受け取る権利の譲渡は、交付規程で制限されている例があります。
中小企業省力化投資補助金の交付規程第15条は、交付決定によって生じる権利を中小機構の承諾を得ずに第三者に譲渡してはならないと定めています。
例外として挙がっているのは信用保証協会・特定目的会社・中小企業信用保険法施行令に定める金融機関への譲渡です。
事業再構築補助金の手引きでも、交付決定債権を金融機関に譲渡して資金を調達するときは事務局に相談することになっています。

譲渡先や手続きがここまで規程で決められている以上、補助金の債権をファクタリングで資金化できるとは言えません。
考えているなら、事前に事務局へ問い合わせるのが先です。
ファクタリングは本来、取引先に対する売掛金を資金化する方法です。仕組みと注意点はファクタリングとはで解説しています。

金融機関に相談するときに用意する書類

つなぎ融資の審査で金融機関がいちばん知りたいのは返済財源の補助金が本当に、いつ、いくら入るのかです。
次の書類をそろえておくと話が早く進みます。

公庫に相談するなら、面談で資金使途と返済計画を説明することになります。準備の仕方は公庫の面談にまとめました。

補助金で買う設備を担保にする場合

補助事業で取得した財産は承認を受けずに担保に供してはならないと補助金等適正化法第22条で定められています。
事業再構築補助金には担保権を設定するときの承認申請の様式があり、補助事業で建設した施設等に譲渡担保権は設定できない扱いです。
融資の条件として設備に担保を付ける予定があるなら、交付規程と手続きを前もって調べておく必要があります。

仮設例：つなぎ融資500万円の利息はいくらか

金利は金融機関・保証の有無・自社の信用で変わるので、ここでは年1.5%・2.5%・3.5%を仮置きして比べます。
期間は計画どおりの4か月、確定検査が2か月遅れた6か月、1年の3通りです。

計算式：利息 ＝ 5,000,000円 × 年率 × 月数 ÷ 12（単利・元金一括返済・円未満四捨五入）。
例：5,000,000円 × 2.5% × 4 ÷ 12 ＝ 41,667円。実際の利息は日割り計算や返済方法によって変わります。

利息そのものは補助金500万円に比べれば小さな金額です。
年2.5%で入金が2か月遅れても、増えるのは62,500円 − 41,667円 ＝ 20,833円にすぎません。
つなぎ融資で本当に怖いのは利息より返済期限までに補助金が入らないことと補助金が減ることです。

保証料を足すと

保証付きにすると保証料が加わります。仮に保証料率を年1.0%とすると6か月で
5,000,000円 × 1.0% × 6/12 ＝ 25,000円です。
金利2.5%の利息62,500円と合わせて87,500円になり、保証なしで年3.5%で借りた場合と同じ負担になります。
比べるときは金利だけでなく金利＋保証料で比べてください。

保証料率の年1.0%は計算のための仮置きです。実際の保証料率や計算方法は協会・制度・返済方法によって異なります。

補助金が遅れた・減額されたとき、返済財源はいくら足りなくなるか

採択されても交付申請の段階や確定検査で経費が対象外と判断されれば補助金は減ります。
新事業進出補助金のFAQの記載も、採択は申請額の全額の交付決定を保証するものではなく、交付決定額をあとから増やすこともできないというものです。
借入額は減らないので、減った分はそのまま返済の不足になります。

全額対象外になりやすいケース

• 交付決定前に契約・発注していた。契約を結んだだけでも対象外
• 分割払いの一部が実施期間内に終わっていない。その契約の経費がすべて対象外
• 現金払い・手形・相殺など、認められていない方法で払った
• 証拠書類がそろわない。見積・発注・納品・請求・振込の記録を最初から保存する

入金が遅れそうなときは

実績報告の差し戻しや確定検査の長期化で、入金が予定より遅れることは珍しくありません。
返済期限を入金予定日ぎりぎりにしていると期限までに返せなくなります。
返済期限は入金予定より余裕を持たせ、遅れが見えた時点で期限前に金融機関へ相談するのが基本です。
黙って延滞すれば次の融資に響きます。断られた場合の選択肢は銀行に融資を断られたらにまとめています。

申請前にやる資金計画チェックリスト

ルールは補助金・公募回ごとに異なります。申請する補助金の最新の公募要領で確かめてから動いてください。

スケジュールの組み方

資金の手当ては補助金の手続きより一歩ずつ先に進めます。仮設例の時期に当てはめると次のようになります。

融資の審査期間は金融機関によって違います。
日本政策金融公庫のように時間がかかる先を使うなら、交付決定を待ってから相談を始めたのでは間に合わないこともあります。

よくある質問

採択の通知だけで、つなぎ融資を受けられますか

金融機関の判断しだいです。ただ採択後の交付申請で経費が減額されることがあるので、交付決定を条件にする例があります。
たとえば千葉県信用保証協会の「セットアッパー」は補助金・助成金の交付決定を受けた方が対象で、交付決定書の写しが必要です。
採択の段階で相談を始めておき、交付決定通知書がそろったところで申し込む流れが現実的です。

つなぎ融資の返済期限はいつにすればいいですか

補助金の入金予定日より余裕を持たせてください。
補助金は実績報告と確定検査を経て、確定通知のあとに請求してから入金されるので、差し戻しがあればそのぶん遅れます。
仮設例では年2.5%で借入期間が4か月から6か月に延びると、利息の増加は20,833円です。遅れそうだとわかったら期限前に金融機関へ伝えておきます。

補助金の入金を待たずに、ファクタリングで資金化できますか

できるとは言えません。補助金を受け取る権利の譲渡は交付規程で制限されている例があります。
中小企業省力化投資補助金では中小機構の承諾なく第三者に譲渡できず、例外は信用保証協会・特定目的会社・一定の金融機関への譲渡です。
検討するなら事前に補助金の事務局へ問い合わせてからにしてください。

補助金が減額されたら、つなぎ融資はどうなりますか

借入額は減らないので、減った補助金の分を自己資金などで返すことになります。
不足額は「対象外になった経費 × 補助率」です。補助率1/2で100万円が対象外になれば50万円足りません。
借入額を決める段階で、減額されても返せるだけの手元資金を残しておくことが大切です。

まとめ

• 補助金は確定検査のあとに入る後払い。入金までの立替資金を別に用意する
• 選択肢は自己資金・取引金融機関のつなぎ融資・保証協会の保証付き融資・公庫など。概算払いやリースは補助金ごとにルールが違う
• 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金では金融機関から借りるなら申請時に「金融機関による確認書」が必要
• 仮設例で500万円を4か月借りた利息は年2.5%で41,667円。利息より入金の遅れと減額に注意する
• 減額されたときの不足額は対象外経費 × 補助率。借入額は減らない
• 補助金の債権の譲渡は交付規程で制限されている例がある。ファクタリングを前提にしない

補助金そのものの仕組みは補助金と助成金の違い、保証付き融資のコストは信用保証協会付融資とはをご覧ください。